故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶(yè )，与难民少女尼娅安相遇后被(bèi )卷入非法MS决斗竞技“军团战”，她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX（吉(jí )夸克斯）”投身其中，而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此，少女与少(shǎo )年的相遇，梦想就此(cǐ )交织，宇(yǔ )宙世纪开启(qǐ )了新的未来......